シングル構成のVMwareESXiホスト（ESXi6.0update3）にSSH接続して、パッチを適用する方法です。
手順
すべての仮想マシンをシャットダウンする
事前にホストクライアント（GUI)にログインして、すべての仮想マシンをシャットダウンしておきます。
以下のコマンドで一括シャットダウンできるかもしれません。（未確認です）
# vim-cmd vmsvc/getallvms | cut -d' ' -f1 | grep -v Vmid | while read i; do vim-cmd vmsvc/power.shutdown $i; doneメンテナンスモードの開始
以下のコマンドを実行し、ホストをメンテナンスモードにします。
# vim-cmd hostsvc/maintenance_mode_enterメンテナンスモードへの移行を確認するには、以下のコマンドを実行します。
「inMaintenanceMode =」がtrueならメンテナンスモードです。
vim-cmd hostsvc/hostsummary | grep -i mainte
inMaintenanceMode = true,パッチの適用
適用したいパッチを、あらかじめホストにアップロードしておきます。
パッチに登録されているプロファイルの確認
以下のコマンドを実行して、適用するパッチのプロファイルを確認します。
（表示されているプロファイルのうち、-standardを適用します。）
esxcli software sources profile list -d /vmfs/volumes/datastore1/Patch/ESXi600-201711001.zip
Name Vendor Acceptance Level
-------------------------------- ------------ ----------------
ESXi-6.0.0-20171103001s-no-tools VMware, Inc. PartnerSupported
ESXi-6.0.0-20171104001-standard VMware, Inc. PartnerSupported ←これです
ESXi-6.0.0-20171103001s-standard VMware, Inc. PartnerSupported
ESXi-6.0.0-20171104001-no-tools VMware, Inc. PartnerSupported「s」がつくプロファイルは、セキュリティに関する不具合修正のみで、バグフィックスが含まれないプロファイルです。
パッチの適用
以下のコマンドを実行して、パッチを適用します。
オプション「-p」には、先ほど確認したプロファイル名を指定します。
# esxcli software profile update -d /vmfs/volumes/datastore1/Patch/ESXi600-201711001.zip -p ESXi-6.0.0-20171104001-standardパッチ適用結果の確認と、ホストの再起動
パッチの適用コマンド実行後、しばらくして実効結果が画面に表示されます。
esxcli software profile update -d /vmfs/volumes/datastore1/Patch/ESXi600-201711001.zip -p ESXi-6.0.0-20171104001-standard
Update Result
Message: The update completed successfully, but the system needs to be rebooted for the changes to be effective.
Reboot Required: true
VIBs Installed: VMware_bootbank_esx-base_6.0.0-3.79.6921384, VMware_bootbank_esx-dvfilter-generic-fastpath_6.0.0-3.79.6921384, VMware_bootbank_esx-xserver_6.0.0-3.76.6856897, VMware_bootbank_ipmi-ipmi-devintf_39.1
・・・・・・「Update Result」の「Message：」欄に「The update completed successfully, ・・・」と表示されていることを確認します。
ホストの再起動
「Update Result」の「Reboot Required:」が「true」ならホストを再起動します。
# rebootパッチ適用後のバージョン確認
ホストの再起動が完了したら、再度SSH接続して以下のコマンドを実行し、ビルド番号（BUild:）が更新されていることを確認します。
esxcli system version get
Product: VMware ESXi
Version: 6.0.0
Build: Releasebuild-6921384 ←ここ
Update: 3
Patch: 79メンテナンスモードの終了
以下のコマンドを実行し、ホストのメンテナンスモードを解除します。
# vim-cmd hostsvc/maintenance_mode_exitメンテナンスモードの状態を確認するには以下のコマンドを実行します。
「inMaintenanceMode =」がfalseなら、メンテナンスモードではありません。
vim-cmd hostsvc/hostsummary | grep -i mainte
inMaintenanceMode = false,仮想マシンの起動
仮想マシンを起動して、必要に応じてVM-Toolsを更新すればパッチ適用完了です。
参考までに、コマンドで仮想マシンを起動する方法もあります。
あとがき
ESXi5以前は「プロファイル」なるものは特に指定する必要はなかったのですが、適用方法が若干変わったようですね。